Az 1990-es évektől kezdődően jelentősen megnövekedett a civil szervezetek - más szóhasználattal: nonprofit szervezetek - száma. A jogi rendezés folyamata az alapítványi forma 1987-es „rehabilitációjával" kezdődött. Két évvel később hatályba lépett az egyesülési törvény, amely valamennyi állampolgár számára garantálta az egyesülés szabadságát.
Bár számosságát tekintve lényegesen kisebb mértékben, de az egyház alapítás területén is megnövekedett az aktivitás. Ma már megkülönböztetünk történelmi egyházakat, és ezen szóhasználaton kívül levő egyházakat, hogy elkerüljük a kis egyház, nagy egyház megnevezést.
A megnövekedett számú nonprofit szervezet és a gyarapodó számú egyházak léte megkívánta a finanszírozás szabályozását is. Az 1996-ra vonatkozó, 1995. december 12-én elfogadott (CXVII/1995) SZJA törvény - ha meglehetősen bizonytalan megfogalmazásban is, de - tartalmazta az 1%-os felajánlásokra vonatkozó rendelkezést. A 45. paragrafus kimondta, hogy (1) A magánszemély nyilatkozatban rendelkezhet az összevont adóalapja adójának az adókedvezmények levonása után fennmaradó része (befizetett adó) egy százalékáról, amelyet az APEH a nyilatkozatban megjelölt kedvezményezett javára utal át. (2) Az (1) bekezdésben említett kedvezményezett közcélú tevékenységet folytató vagy támogató szervezet, intézmény, alap, alapítvány lehet. (3) Az e paragrafusban foglalt rendelkezést megvalósító eljárást és a kedvezményezettek körét külön törvény szabályozza.
Az ide vezető út - természetesen - nem volt egyenes. Az egyházak finanszírozásának átalakítását az SZDSZ vetette fel először. 1991-es javaslatuk nem oldotta volna meg az egyházak és a nonprofit szervezetek forrásellátását, és a történelmi egyházak heves tiltakozása miatt 1994-ig le is került a napirendről. Az érintettek - civil szervezetek, egyházak - részéről érthető volt a bizalmatlanság. A nonprofit szervezetek és az egyházak féltették az addig elért eredményeiket (állami támogatás, adókedvezménnyel támogatott adományozás), és megoldhatatlannak látszott a több millió „tagot" számláló történelmi egyház és néhány lelkes magánszemély által alapított - például - kutya fajtamentő egyesület összehasonlítása.
Az elfogadott törvény alapvető célja a társadalmi támogatottság tükröztetése volt, és - jó szándékkal - feltételezte az állampolgárok aktivitását.
Mivel az 1996-os jövedelemadó 1%-ának felhasználásáról az adófizetőknek csak 1997 tavaszán kellett rendelkezniük, a kormánynak majdnem egy éve volt rá, hogy ezt a „külön törvényt" kidolgozza. Az első törvényjavaslat 1996 nyarán látott napvilágot, s azonnal éles vitákat szított a kedvezményezettként szóba jöhető érdekcsoportok között. Furcsa módon, az egyházak és a civil szervezetek törekvései teljesen ellentétesek voltak. Az egyesületek, alapítványok, kulturális intézmények, egészségügyi és szociális szolgáltatásokat nyújtó szervezetek mind előjogokat szerettek volna kapni a többi szervezettel szemben. Ugyanakkor az egyházak mereven elutasították, hogy az 1%-os rendszer rájuk is kiterjedjen, azaz hogy ugyanúgy kezeljék őket, mint a nonprofit szervezeteket. A kormány hajlott rá, hogy engedjen az egyházi nyomásnak, és lemondjon az adó-önrendelkezés gondolatáról, vagy legalább késleltesse annak bevezetését, de a koalíciós pártok parlamenti képviselőinek zöme ragaszkodott az eredeti menetrend betartásához, s az 1996. október 15-i parlamenti vitában leszavazta a késleltetésre vonatkozó javaslatot. (A szavazás eredménye 183 nem volt 91 igen ellenében. Az MSZP és az FKGP frakció zöme, valamint a teljes SZDSZ frakció a halasztás ellen, a többi pártok képviselői szinte egyhangúlag mellette szavaztak.)
A következő két hónap rendkívül éles és viharos viták közepette telt. Szinte minden hét hozott valamilyen fordulatot, több különböző törvényjavaslat készült, és a lehetséges kedvezményezettek köre folyamatosan változott. Korántsem csak az egyházak ellenállása okozott gondot, számos más ponton is hiányzott az egyetértés. A pénzügyi szakértők, valamint az Adóhivatal és a Pénzügyminisztérium képviselői korlátozni szerették volna a potenciális kedvezményezettek számát, és egy rövid lista összeállítását javasolták, amelyre csak néhány kiemelkedő jelentőségű nemzeti intézmény és közalapítvány került volna fel. Számos szocialista politikus és a szabaddemokraták többsége amellett érvelt, hogy az 1%-os támogatás a nonprofit szervezetek széles köre számára váljon elérhetővé. A sportklubok, a szakszervezetek, a munkáltatói érdekképviseletek és a politikailag elkötelezett nonprofit szervezetek kizárása szintén erősen vitatott kérdés volt.
A parlament végül 1996. december 19-én fogadta el az „1%-os törvényt". A lehetséges kedvezményezettek körébe a kiemelt közintézmények és a nonprofit szervezetek viszonylag nagy része mellett az egyházi működtetésű szolgáltató intézmények is bekerültek, de maguk az egyházak nem. A törvény 1997 januárjában lépett hatályba.
A történetnek azonban ezzel még nincs vége. A következő évben a kormánynak sikerült kompromisszumot kötnie az egyházakkal, amelyek az 1%-os felajánlások elfogadásáról folytatott viták során maguk is megosztottá váltak. A történelmi egyházak (közülük is elsősorban a legnagyobb, a Katolikus Egyház) továbbra is úgy gondolták, hogy számukra a kormánnyal kötött kétoldalú egyezmények kedvezőbb finanszírozási helyzetet teremtenek, mint az állampolgároktól származó támogatás. Ugyanakkor a kisegyházak egyre inkább arra a meggyőződésre jutottak, hogy az 1%-os felajánlások alkalmat kínálnak bevételeik növelésére. Hosszas tárgyalások után végül megszületett a megállapodás, s az 1997. évi CXXIX. törvény úgy rendelkezett, hogy az adófizetők személyi jövedelemadójuk további 1%-át az egyházaknak ajánlhatják fel.
A két nyilatkozat független egymástól, így az egyházaknak nem kell a világi nonprofit szervezetekkel versenyezniük az „állampolgárok kegyeiért". A második 1% semmiképpen nem irányítható az első 1%-ra jogosult szervezetekhez. Azok az adófizetők, akik nem akarják az egyházakat támogatni, a második 1%-ot az éves adótörvényben megnevezett (1998-ban a rászoruló gyermekeket és fiatalokat segítő, 1999-ben a millennium megünneplését finanszírozó) állami alap (kiemelt költségvetési előirányzat) számára ajánlhatják fel, vagy egyszerűen bent hagyhatják az állami költségvetésben.